يقوم المركز بتنفيذ مجموعة من البرامج التي تهدف إلى تحقيق أهداف المركز، أما البرامج فهي:
بناء الموارد البشرية والمؤسسي: يهدف المركز لتطوير الكوادر البشرية والبناء المؤسسي للجمعيات التعاونية و تجمعات المجتمع المحلي المعتمدة على المساعدة الذاتية في فلسطين من خلال تزويدها بالتدريب، خدمات الإرشاد، المواد وأي خدمات أخرى ضمن إطار برامج المركز.
-
تمكين المرأة الريفية: يهدف هذا البرنامج إلى تعزيز دور المرأة الريفية في المشاركة في بناء الاقتصاد الفلسطيني وتقوية ركائز المجتمع الديمقراطي، والذي يتم تحقيقه من خلال الجمعيات النسائية التعاونية. فيقوم المركز بإعطاء التدريب النظري والعملي للعضوات حول البناء المؤسسي، التصنيع المنزلي، تربية النحل بالإضافة إلى تزويد الجمعيات بأدوات الإنتاج اللازمة، الهدف من ذلك هو تطوير قدرة ربات البيوت لإنتاج الأغذية للاستهلاك المنزلي ومن ثم كمصدر دخل. من ناحية أخرى، يقوم المركز بتنظيم التجمعات المحلية في جمعيات تعاونية بهدف تأمين الاستمرارية المستقبلية لهم.
-
تبادل الخبرات: يقوم المركز بتخطيط وعقد زيارات تبادلية بين الجمعيات تهدف إلى تشجيع تبادل الأفكار حول مشاريع اقتصادية مشتركة يتم تنفيذها في المستقبل. إحدى المشاريع الريادية هي المخيمات الصيفية التعاونية، فالمخيم لا يهدف فقط إلى المرح، واللعب والراحة النفسية بل يتعداها ليشمل توصيل رسالة عن المبادئ والأساليب التعاونية إلى الأطفال بطرق سهلة وبسيطة تهدف زيادة دورهم في النواحي التعاونية والاعتماد على الذات.
-
البناء المؤسسي: يعمل المركز في هذا البرنامج في نطاقين، الأول هو بناء قدرات تجمعات المجتمع المحلي المعتمدة على المساعدة الذاتية لتأهيلها لتصبح جمعيات تعاونية، أما النطاق الثاني فهو بناء قدرات الجمعيات التعاونية القائمة أصلا بالدخول في العمق بهدف تطوير نظامها الداخلي وتفعيل نشاطاتها. إن الهدف النهائي للمركز في كلا النطاقين هو ترويج قيم وفوائد فريق العمل، قيم التعاون، الديمقراطية والحكم الرشيد، بالإضافة إلى تطوير منتجات الجمعيات كما ونوعا مع توسيع قاعدتها المجتمعية والتي تستهدف الوصول إلى القدر الأكبر من الفئات المستهدفة لتحقيق التنمية الاقتصادية-الاجتماعية المطلوبة.